刘裕家族灭亡的原因是多方面的，主要包括以下几点：

政治需要：

刘裕出身寒门，虽然后来成为皇帝，但他深知士族集团对皇权的影响。为了巩固新政权，消除隐患，他选择清洗士族，尤其是司马氏，以此消除士族对皇权的影响力，开创了寒人掌机要的政治格局。

历史使命：

刘裕作为汉高祖刘邦的弟弟刘交的后裔，其血统已经不尊贵了。再加上家道中落，到他的父辈祖辈早就已经跌入寒门庶族。他需要消除门阀政治问题，以巩固自己的统治地位。

个人野心和狂妄：

刘裕在占据皇位后，生活状态变得风光无限，但他并不满足于此。他需要更多的刺激和挑战，于是决定趁这个机会将司马懿的后人给灭族了。

制度变革：

刘裕在建立刘宋后，进行了一系列改革，这些改革在一定程度上触动了士族的利益，导致士族对他的不满和反抗。为了维护自己的统治，刘裕选择了更为极端的手段，即族灭司马氏。

天道报应：

刘裕的祖先司马懿曾经通过不正当手段篡夺政权，刘裕在成功篡位后，也采取了类似的手法对待司马氏，这种“天道好轮回”的观念可能也是他选择灭族司马氏的一个原因。

综上所述，刘裕家族灭亡的原因是多方面的，包括政治需要、历史使命、个人野心和狂妄、制度变革以及天道报应等因素。这些因素相互作用，最终导致了刘裕对司马氏的族灭。