刘裕在建立刘宋后，并没有杀掉晋朝的最后一位皇帝晋恭帝，这背后有多重原因：

政治考量：

刘裕考虑到杀掉晋恭帝可能会引发南方政治的动荡，甚至可能为北方的北魏提供侵略的便利。他的目标是建立一个统一的国家，因此选择通过吸纳南方的实力来实现这一目标，同时妥善处理南北关系，确保国家的稳定和统一。

军事角度：

刘宋王朝拥有强大的军队和繁荣的经济。如果刘裕选择杀掉晋恭帝，无疑会引发一场血腥的战争，消耗大量的军力和资源。此外，刘宋的统治者宋文帝具备政治智慧和军事才能，通过外交手段和婚姻联姻来达成和解，比武力对抗更为明智和经济。

人文关怀：

刘裕本人有着崇高的品德，重视人与人之间的情感和亲情，也关注民众的福祉。他并没有一味追求权力和荣华富贵，而是希望国家能够和平发展，因此选择了不杀晋恭帝，以体现仁爱和宽容的精神。

历史先例：

刘裕的行为也受到了历史的影响。晋朝是中国历史上皇权最为暗弱的朝代之一，尤其是东晋时期。刘裕可能认为，杀掉前朝宗室会开一个不好的先例，导致未来历朝历代在覆灭后都会遭到打击。

个人情感：

有记载显示，刘裕在命令张伟毒杀晋恭帝时，内心也存在矛盾和挣扎，最终张伟甚至选择替晋恭帝喝下毒酒自杀，这反映出刘裕本人对杀晋恭帝也有一定的情感负担。

综上所述，刘裕不杀晋恭帝主要是出于政治、军事和人文等多方面的考虑，目的是为了维持国家的稳定和统一，节约军力和资源，并展现仁爱和宽容的精神。