在电脑版《奥特曼格斗进化》中，操作方法如下：

普通攻击 ：连按为连续进攻（2连击、3连击等），可配合方向键使出不同招数（如飞踢等），命中对手可使眩晕槽（HP槽下面的红槽）上涨。

重攻击：

可配合方向键使出同招数，命中效果比普通攻击好。

超重攻击：

释放必杀技所必须。按下后角色会使出超重攻击，硬直时间比上面两个长得多。命中对手后，根据对手眩晕槽值的多少，来决定自己必杀技的准备时间。此时可按相应按键来发出必杀技。

投技：

与敌近身时按下后可使出摔投等技巧。如果按下后再按其他键便可使出不同种类的投，如过肩摔、过顶摔、龙卷式等等。

特殊技能

R1：

可发出远距离牵制性光线，命中敌人可增加其不少眩晕值。

L1：召唤各战队飞机进行援护攻击（只能招一次，增加对手的眩晕值，作用不大）。

R2和 L2：平成系奥特曼变换形态。

方向键

上：跳，连按两下或轻点一下为顺时针移动，用来回避攻击。

下：蹲，连按两下或轻点一下为逆时针移动，用来回避攻击。

左：后推或防，连按两下为后手翻（体操？汗）。

右：前进或防，连按两下为跑（PS：跑中按X可使出“骑”）。

其他按键

START：游戏暂停或退出。

建议在实际操作中，可以根据个人习惯调整模拟器的按键设置，以便更顺畅地进行游戏。