是的，《龙马精神》中的赤兔马是 有真实马匹参与拍摄的，并且有特效加持。以下是具体信息：

真实马匹：

《龙马精神》需要性格激烈、活泼好动的马，因此剧组找到了刚从赛场上退役下来的九岁热血马赤兔。

特效加持：

尽管赤兔是真实的马匹，但在电影中的一些场景中，如驮着药箱在爆炸的城门中奔跑，赤兔表现出的惊慌失措完全是真实的反应，只是因为马生性胆小。电影制作团队可能使用了特效来增强某些场景的视觉效果，但并没有完全依赖特效来呈现赤兔的行为。

幕后故事：

在电影的一个特辑中，导演杨子介绍了赤兔的身份来历，表示赤兔是一匹退役的冠军马，品种优良，在几百匹马里面唯独选中了它，因为赤兔看上去是最有龙马精神气质的，符合角色和这部电影想表达的意义。

综上所述，《龙马精神》中的赤兔马既有真实的马匹参与拍摄，也有特效的加持，但真实的马匹反应是电影的一个重要组成部分。