在电影《画皮》中，王生最终选择杀害佩蓉的原因是多方面的，包括 对佩蓉的爱、对妖邪的恐惧和责任感、以及社会舆论和自身名誉的考虑。

对佩蓉的爱：

王生深爱着佩蓉，即使知道她变成了妖，也愿意与她共同面对一切。当佩蓉喝下妖毒变成妖女时，王生的内心是极度矛盾和痛苦的。他爱佩蓉，但又无法摆脱对妖邪的恐惧和排斥，这种复杂的情感最终导致他做出了极端的决定。

对妖邪的恐惧和责任感：

作为一个将军，王生有保护百姓的责任。他害怕妖邪会伤害到其他人，因此决定牺牲佩蓉来保护大家。他的行为在某种程度上是出于对社会的责任感，尽管这意味着他必须背叛自己深爱的妻子。

社会舆论和自身名誉：

在古代社会，妖邪被视为不祥之物，王生作为将军，他的名誉和形象至关重要。他可能担心如果佩蓉真的是妖，他的名誉将受到严重损害。这种对名誉的考虑也促使他做出了杀害佩蓉的决定。

小唯的误导：

小唯最初以善良的形象出现，但后来被揭示为妖邪。她曾试图让佩蓉喝下妖毒，自己则变成王夫人。王生在不知情的情况下，误杀了佩蓉，这也反映了他对小唯的深情和信任。

综上所述，王生杀害佩蓉是一个极其复杂和痛苦的决定，涉及到对佩蓉的爱、对妖邪的恐惧和责任感、以及社会舆论和自身名誉的考虑。这个决定最终导致了他和佩蓉的悲剧结局，但也展现了人性的复杂和情感的纠葛。