李比希确定分子结构的方法主要包括以下步骤：

确定实验式

元素分析法：通过化学方法测定有机化合物的元素组成及其质量分数。

燃烧分析法：将有机物燃烧转化为简单的无机化合物，并进行定量测定，从而推算出有机化合物所含各元素的质量分数，计算出分子内各元素原子的最简整数比，即实验式。

确定分子式

质谱法：利用质谱仪用高能电子流轰击样品，使有机分子失去电子形成带正电荷的分子离子和碎片离子，通过质谱图中的质荷比确定样品的相对分子量，从而推算出分子式。

确定分子结构

红外光谱：通过红外光谱仪记录有机化合物对红外线的吸收情况，获取分子中所含化学键或官能团的信息。

这些方法共同构成了李比希确定有机化合物分子结构的系统，为有机化学的发展奠定了坚实的基础。