晋文公的名字叫重耳，并不是因为他的一侧长有两只耳朵。根据古代文献和史料的记载，重耳之所以得名，是因为他出生时除了有正常的耳朵外，耳前还有一个或几个耳赘，医学上称为“副耳”，民间叫做“拴马桩”。古人有时会根据孩子的身体特征来取名，例如《道德经》的作者老子，姓李名耳，字聃，聃耳属肩，耳朵长而大。因此，重耳的名字很可能是因为他的耳朵有先天畸形而得名。

此外，也有说法认为“重耳”与马车上的部件“重耳”（较）有关，当时贵族士人有用马车部件命名的习惯。但这种说法缺乏史料依据，因此不太可能是正确的解释。

综上所述，晋文公的名字叫重耳，并不是因为他的一侧长有两只耳朵，而是因为他出生时耳朵前有耳赘，古人根据这一特征给他取了这个名字。