根据现有信息，广州市开仓放粮科技有限公司（及关联公司）的合法性分析如下：

一、公司注册与基本信息

广州市开仓放粮科技有限公司

注册资本1000万人民币，成立于广州市，属于软件和信息技术服务业企业。

持有2项行政许可，经营状态正常，无异常经营或行政处罚记录。

关联公司广州开仓放粮信息科技有限公司

注册资本100万人民币，成立于2016年，业务范围与前者相关。

持有19项行政许可，但风险信息显示存在16条财产线索和1起司法案件，涉及实际控制人。

二、风险提示与注意事项

关联公司风险：

广州开仓放粮信息科技有限公司存在较多法律风险，包括财产纠纷和司法案件，可能影响集团整体信用。建议通过天眼查、企查查等平台进一步查询实际控制人背景及经营状况。

注册资本差异：两家公司注册资本差异较大（1000万与100万），需核实是否为同一集团旗下公司或独立法人实体。

行业监管：信息科技类企业需关注软件著作权、数据安全等专项许可，建议确认其是否满足行业监管要求。

三、建议

核实公司资质：通过工商、税务及行业监管部门获取最新经营信息，确认是否存在变更或处罚记录。

审慎合作：如需与关联公司开展业务，建议要求提供独立财务报表、法律意见书等文件，降低合作风险。

综上，广州市开仓放粮科技有限公司本身注册合规，但需关注其关联公司的经营风险。如需进一步确认，建议实地考察或委托专业机构进行尽职调查。