在《仙剑奇侠传》的大结局中，李逍遥对剑圣说的“你明白吗？”这句话具有多层含义，以下是一些可能的解释：

痛苦与超脱

李逍遥经历了至亲好友和最爱的人的离去，只剩下他怀中的婴孩。他心如止水，再不起波澜，真正得道了。他问剑圣这句话，可能是在表达他内心的痛苦和超脱。

道的不同

李逍遥和剑圣的道不同。剑圣认为放下情感才能得道，而李逍遥则经历了真挚的爱和失去，他认为留下来的人是最痛苦的。李逍遥问剑圣是否理解他所经历的真挚的爱和失去所带来的痛苦。

对剑圣的讽刺

李逍遥的这句话也可能是在讽刺剑圣，为了自己所谓的道，连人世间最平常也是最伟大的爱都放弃了。他问剑圣是否明白那种痛楚，同时也是在讽刺剑圣的逃避和安于自然。

真挚的爱

李逍遥问剑圣“你明白这份真挚，至死不渝的爱吗？”意思就是就算你现在得道又怎么样，还不是现在一无所有，连一份真挚的爱都没有，自己独孤一生。他是在表达，真正的道不仅仅是放下情感，而是能够承受失去所爱之人的痛苦。

总结与反思

这句话也是整部剧的总结，导演想营造一种意境，让人去悟的意境。李逍遥在问剑圣的同时，也在问自己，所有的因果、为什么，都包含在这一句中。

综合来看，李逍遥对剑圣说的“你明白吗？”这句话包含了多种情感和哲理，主要表达了李逍遥对痛苦和超脱的感悟，对剑圣得道但失去爱情的讽刺，以及对真挚爱的赞美和对人生的反思。